Pe teritoriul GAL se regăsește o suprafață foarte mare de arii protejate situri Natura 2000, cu relevanță asupra menținerii într-o stare de conservare favorabilă a celor mai importante habitate și specii ale zonei. Se identifică6 situri Natura 2000ce se întind pe o suprafață totală de 852,701 km2 ,respectiv 85.270 haregăsindu-se pe teritoriul tuturor celor 10 UAT-uri din componența GAL, astfel:
Situl Călimani – Gurghiu – ROSCI0019, se întinde pe o suprafață de 75.348,83 ha,regăsindu-se pe teritoriul comunelor: Brâncovenești, Deda, Lunca Bradului, Răstolița,Rușii-Munți, Stânceni, Vătava;
Situl Cușma – ROSCI0051, se întinde pe o suprafață de 19,04ha, regăsindu-se pe teritoriul comunelor: Răstolița, Vătava;
Situl Mociar – ROSCI0320, se întinde pe o suprafață de 7,51ha, regăsindu-se pe teritoriul comunei Ideciu de Jos;
Situl Râul Mureș între Deda şi Reghin – ROSCI0368, se întinde pe o suprafață de 380,78 ha pe teritoriul comunelor: Aluniș, Brâncovenești, Ideciu de Jos, Rușii-Munți, Suseni,Deda, Lunca Bradului, Răstolița;
Situl Defileul Mureșului Superior – ROSPA0030 –se întinde pe o suprafață 9.513,91 ha, în comunele: Deda, Lunca Bradului, Răstolița și Sînceni.
Situl Munții Călimani – ROSPA0133 – se întinde pe o suprafață de 0,11 ha pe teritoriul comunei Stânceni.
În patrimoniul de mediu al teritoriului se regăsesc de asemenea 4arii naturale protejate de importanță comunitară precum: Aria naturală protejată de categorie IUCN IV ”Defileul Deda Toplița”, situată pe teritoriul comunelor Deda, Răstolița, Lunca-Bradului, pe o suprafață de 6.000 ha Parcul Natural Defileul Mureșului Superior, categoria IUCN V- declarat parc natural prin Hotărârea de Guvern Nr. 1143 din 18 septembrie 2007 se întinde pe o suprafață de 9.156 de hectare și include rezervația naturală Defileul Deda – Toplița. Parcul natural se suprapune ariei de protecție specială avifaunistică – Defileul Mureșului Superior și Conform datelorstatisticefurnizate de Direcțiajudețeană de statistică Mureș prinadresa nr.664/09.05.2015reprezintă o zonă peisagistică deosebită, bogată în vegetație cu specii montane de păduri în amestec, păduri de foioase. Localizare: Deda, Răstolița, Lunca-Bradului.
În comuna Vălenii de Mureș se întinde Rezervația cu lalea pestriță – IUCN IV -2,25 ha.
Parcul Național Călimani – IUCN II o zonă montană cu forme de relief diversificate:vârfuri, abrupturi stâncoase, chei, văii, doline, măguri, lapiezuri, ponoare, poiene; cu suprafețe naturale acoperite cu păduri, pășuni și pajiști, se regăsește pe teritoriul comunelor Răstolița și Lunca Bradului, pe o suprafață de 11.000 ha.